中国高等航海教育发轫于上海，1909年晚清邮传部上海高等实业学堂（南洋公学）船政科开创了我国高等航海教育的先河。1912年成立吴淞商船学校，1933年更名为吴淞商船专科学校。1959年交通部在沪组建上海海运学院。2004年经教育部批准更名为上海海事大学。为更好地服务上海国际航运中心建设和国家航运事业发展，根据上海市高校布局结构调整规划，2008年上海海事大学主体搬迁临港新城。2009年学校举行百年校庆系列活动。
上海海事大学是一所以航运、物流、海洋为特色，具有工学、管理学、经济学、法学、文学、理学和艺术学等学科门类的多科性大学。2008年，上海市人民政府与交通运输部签订协议，共建上海海事大学。
上海海事大学研究生教育始于1979年，是我国首批经国务院学位委员会批准有权授予硕士学位的高等院校之一。1986年7月成立研究生部，2014年4月成立研究生院，负责全校研究生教育和教学管理工作。1994年起具有单独入学考试招收在职研究生的自主权；1995年获准面向港澳台地区招收研究生；1996年开始与荷兰马斯特里赫特管理学院联合培养工商管理硕士（MBA），并获得外国留学生招生权；1997年成为全国56所工商管理硕士（MBA）研究生办学试点单位之一，并获得在职人员以同等学力申请硕士学位授予权；1998年成为博士学位授予单位，同年开始招收企业及经济管理部门管理人员在职攻读工商管理硕士（MBA）学位，并获得工程硕士专业学位授予权。截至2021年12月，学校设有3个博士后科研流动站（交通运输工程、电气工程、管理科学与工程），4个一级学科博士点（交通运输工程、管理科学工程、船舶与海洋工程、电气工程），18个二级学科博士点，17个一级学科硕士学位授权点，64个二级学科硕士学位授权点，13个专业学位授权类别。拥有16个省部级重点研究基地。现有1个国家重点（培育）学科，1个上海市高峰学科，2个上海市高原学科，9个部市级重点学科，工程学科进入ESI全球前1%,港航物流学科保持全球领先。5个国家级特色专业，1个国家级综合改革试点专业，6个教育部卓越工程师教育培养计划专业。现有2个国家级实验教学示范中心，2个国家级虚拟仿真实验教学示范中心，5个国家级实践教学示范中心，1个全国示范性工程专业学位研究生联合培养基地。设有水上训练中心，拥有4.8万吨散货教学实习船“育明”轮。
实行校院二级管理体制，现设有商船学院、交通运输学院、经济管理学院（设亚洲邮轮学院）、物流工程学院（设中荷机电工程学院）、法学院、信息工程学院、外国语学院、海洋科学与工程学院、文理学院、马克思主义学院、徐悲鸿艺术学院、物流科学与工程研究院、上海高级国际航运学院等二级办学部门。各类在校研究生8000余人，留学生600余名。在1300余名专任教师中，有教授190余名。学校致力于培养国家航运业所需要的各级各类专门人才，已向全国港航企事业单位及政府部门输送了大量毕业生，被誉为“高级航运人才的摇篮”。。
学校与海外100余所姐妹院校建立了校际交流与合作关系，开展教师交流、合作办学、合作科研、学生交换等。与联合国国际海事组织、波罗的海国际航运公会、挪威船级社等国际知名航运组织/机构建立了密切联系。自2010年起开设“国际班”，邀请美国、韩国、波兰、俄罗斯、德国等国家航海院校的学生来校学习“航海技术”“航运管理”等专业。2011年，经教育部批准，学校与加纳中西非地区海事大学合作举办“物流管理”本科教育项目，并开始在非洲招生，这是上海市地方高校第一个颁发中国高校本科文凭的海外办学项目。2012年，学校获教育部批准正式成为“接受中国政府奖学金来华留学生院校”。